Die Errichtung des SFZ Sekretariat für Zukunftsforschung im Jahr 1990 geht auf die Initiative des damaligen Ministers für Stadtentwicklung, Wohnen und Verkehr, Dr. Christoph Zöpel und des Ministerpräsidenten des Landes Nordrhein-Westfalen, Johannes Rau zurück. Sie knüpft an die Tradition der Zukunftsforschung in NRW zu Beginn der 70er Jahre und an die von 1985 bis 1988 erfolgreiche Veranstaltungs- und Publikationsreihe „Forum Zukunft“ unter dem Dach des Wissenschaftszentrums NRW an. Ziel war es, die Zukunftsaufgaben des Staates und der Kommunen in politischen, ökonomischen, sozial-kulturellen und ökologischen Fragen neu zu überdenken und langfristig tragfähige Zukunftsoptionen zu eröffnen. Zudem erwartete man neue Impulse für eine Nachhaltige Entwicklung in der Stadt- und Regionalpolitik, der Wirtschaft, Wissenschaft, Bildung sowie in der Energie- und Umweltpolitik. Diese Aufgaben erfolgten vor dem Hintergrund der notwendigen Erneuerung einer alten Industrieregion, die vor allem durch den Niedergang der Montanstruktur (Kohle, Stahl, Chemie) im Ruhrgebiet gekennzeichnet war. Die zur gleichen Zeit gestartete „Internationale Bauausstellung Emscher Park“ des Landes Nordrhein-Westfalen wurde zum großen Experimentierfeld für die praktische Revitalisierung des am stärksten gebeutelten Industriegebiets Deutschlands im Umfeld von Emscher, Lippe und Ruhr. Die „IBA Emscher Park“ entwickelte sich zum weltweit größten Nachhaltigkeitsprojekt, das vom SFZ begleitet wurde.

Die 1988 vom Land NRW beim IZT Berlin in Auftrag gegebene Studie „Zukunftsforschung und Politik“ ergab, dass die deutsche Zukunftsforschung im internationalen Vergleich große Defizite aufwies und kein einziges Institut öffentlich gefördert wurde.

Die Gründung des SFZ als eigenständige Einrichtung wurde durch einen einstimmigen Beschluss des Landtags von NRW im Herzen des Ruhrgebiets ermöglicht. Mit dem Aufbau und der Entwicklung des SFZ in Gelsenkirchen, in unmittelbarer Nachbarschaft zur Zentrale der IBA Emscher Park, wurde Prof. Dr. Rolf Kreibich beauftragt, der gleichzeitig Mitglied des Direktoriums der IBA war.

Seit dem Auslaufen des Rahmenvertrages mit dem Land Nordrhein-Westfalen im Jahr 2000 arbeitet das SFZ ohne institutionelle Förderung. Nach zahlreichen Umstrukturierungsmaßnahmen wurde der Sitz nach Dortmund und Berlin verlegt. Seit 2013 residiert das Sekretariat für Zukunftsforschung an der Freien Universität Berlin.